Фамилия Бендеберина — редкий случай, когда основа явно звучит как иноязычное заимствование, а суффикс указывает на русскую почву. Если отбросить окончание -а, типичное для женского варианта, перед нами мужская форма Бендеберин. Суффикс -ин говорит о том, что фамилия образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я: Бендебера. Именно это слово и требует разгадки.

Наиболее вероятное объяснение — тюркское происхождение основы. В тюркских языках есть компонент «бенде» (от персидского «банда» — раб, слуга, а также «узел», «связь») и «бера» (искажённое «бир» — давать, или «бар» — есть, имеется). Прозвище Бендебера могло означать «связанный узами», «верный слуга» или же быть сложносоставным личным именем с пожелательным смыслом. Вторая версия, менее правдоподобная, но не исключённая — связь с диалектным глаголом «бендерить» (гнуть, клонить, делать что-то неуклюже). В таком случае прозвище Бендебера дали бы человеку сутулому или неловкому в работе.

Фамилия явно недворянская: суффикс -ин в сочетании с неканонической основой характерен для крестьянской и мещанской среды, особенно в южнорусских и поволжских регионах, где было сильно тюркское влияние. Географически Бендеберины могли закрепиться в Астраханской, Оренбургской губерниях или на Северном Кавказе — в местах активных контактов с татарами, башкирами, ногайцами. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Бендебе́рина.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бендеров, Бендерев) показывает, что форма Бендеберин — более редкая, с удвоенной основой, что типично для прозвищ, которые давали по яркой внешней или поведенческой черте. Сведений о массовом распространении фамилии в исторических документах нет, что подтверждает её локальный, «штучный» характер.