Фамилия Бендеберин — редкая, и её происхождение сразу бросается в глаза необычным сочетанием звуков. В русской ономастике такие фамилии чаще всего имеют тюркские корни, и Бендеберин — не исключение. Основа фамилии восходит к тюркскому слову «бенде» (или «бенд»), которое в разных диалектах означает «узел», «связка», «запруда» или «преграда». В переносном смысле так могли называть человека крепкого, коренастого, «сбитого», или же того, кто жил у плотины или переправы. Вторая часть, «бери», может быть вариантом тюркского «бер» — «дай» (повелительное наклонение) или «бир» — «один». Однако более вероятно, что это усечённая форма от «берен» или «бери» в значении «волк» (в некоторых тюркских языках «бёрю»), что даёт прозвище «крепкий, как волк» или «связка волка».

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на её русское оформление по модели притяжательных прилагательных: «чей?» — Бендеберин, то есть «сын Бендебери». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, которые не были церковными. Фамилия могла возникнуть в среде служилых татар, башкир или других тюркоязычных народов, перешедших на русскую службу и получивших земельные наделы в центральной России или Поволжье. Альтернативная, но менее вероятная версия связывает фамилию с арабским «бенд» (раб) и «бери» (суша), что могло бы означать «раб суши» — прозвище земледельца или крестьянина, но это предположение не находит надёжных лингвистических подтверждений.

Географически фамилия Бендеберин встречается крайне редко, и основные очаги её бытования — юг России и Поволжье, где исторически сильны тюркские влияния. В дореволюционных источниках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем письменном закреплении или о малочисленности рода. В отличие от фамилий на «-ов» и «-ев», которые часто носили крестьяне и мещане, фамилии на «-ин» от тюркских прозвищ встречались и у однодворцев, и у казаков. Точное сословное происхождение Бендебериных установить трудно, но по модели образования можно предположить, что предок носителя фамилии получил прозвище за внешность или характер, а не за ремесло.