Фамилия Бенею — редкая, и её происхождение напрямую связано с географией. Скорее всего, перед нами румынская или молдавская фамилия, образованная от топонима. В Румынии и Молдове есть несколько сёл с названием Бенею (например, в жудеце Клуж или в бывшем Бендерском уезде). По этой модели фамилии часто давали крестьянам, переселившимся в другое место: «откуда ты?» — «из Бенею». Так житель села Бенею становился Бенею уже в качестве фамилии.

Суффикса -ов или -ин здесь нет, что сразу выдаёт нерусское происхождение. В румынском языке фамилии на -ю типичны для северных и центральных регионов (Марамуреш, Трансильвания). Окончание -ю — это стяжённая форма от -ул, определённого артикля мужского рода. То есть Бенею буквально значит «(тот) из Бенею» или «Беневский».

Само название села Бенею, вероятно, восходит к личному имени Бене (уменьшительное от Бенедикт, то есть Венедикт) или к венгерскому Bène — варианту имени Бенедек. В Трансильвании веками жили венгры, румыны и немцы, и фамилия могла возникнуть на стыке языков: венгерская основа, румынский суффикс.

В России и на Украине фамилия встречается единично, в основном у потомков переселенцев из Бессарабии. Носители фамилии Бенею — почти наверняка выходцы из исторической области Молдова, где такие фамилии на -ю не редкость (сравните: Кожокарю, Мунтяну, Рошу). Дворянской эта фамилия не была: в Румынии и Молдове окончание -ю чаще встречается у крестьян и мещан, а не у бояр, которые носили фамилии на -еску или -ану.