Фамилия Бердя — редкий случай в русском ономастиконе: она не вписывается в привычные модели с суффиксами -ов, -ин или -ский. Её основа заканчивается на -я, что сразу указывает на возможное украинское, белорусское или польское происхождение. В этих языках фамилии без стандартных русских суффиксов встречаются чаще. Скорее всего, перед нами прозвище, которое застыло в форме именительного падежа.

Корень «берд-» многозначен. Самое прямое объяснение — связь с диалектным словом «бердо» (или «берды»). Так на юге России, в Белоруссии и на Украине называли деталь ткацкого станка — гребень, которым прибивают нить. Прозвище Бердя могли дать ткачу или человеку, который работал с этим инструментом. Вторая версия отсылает к оружию: «бердыш» — старинный топор на длинном древке, распространённый у стрельцов и пехоты. Тогда Бердя — прозвище воина, вооружённого бердышом, или мастера, их ковавшего.

Есть и личная версия: уменьшительная форма от имени Берд, которое в старину могли давать как охранительное имя (от тюркского «берди» — «дал»). В русских говорах такое имя фиксировали, но редко. Если исходить из географии, фамилия Бердя чаще встречается на западе исторической России — в Смоленской, Брянской областях, а также в Белоруссии. Это подтверждает её западнорусские или украинско-белорусские корни.

Словообразовательная модель простая: прозвище или нецерковное имя Бердя перешло в фамилию без изменений, что типично для украинской традиции (ср. Голота, Неборак). В русской среде такая фамилия могла возникнуть при переписи населения, когда писарь записывал человека по прозвищу в том виде, в каком его услышал. Фамилия Бердя недвусмысленно говорит о занятии или внешней черте предка — ткаче, воине или просто человеке с необычным именем-оберегом.