Фамилия Бердяев получила распространение в России благодаря двум разным источникам, и одна из версий ведет её к тюркскому имени Берди, что значит «он (Бог) дал». Это имя было широко распространено у народов, испытавших влияние арабо-мусульманской культуры, и попало в русскую среду вместе с выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. Словообразовательная модель здесь простая: к основе Берди добавили типичный русский суффикс -ев, который указывает на принадлежность («сын Берди»). Такие фамилии, закрепившиеся в XV–XVII веках, нередко несли память о восточных корнях родоначальника.

Однако есть и альтернативное объяснение, которое опирается не на тюркское имя, а на местную диалектную лексику. В новгородских говорах бердяем называли трусливого человека. Если принять эту версию, фамилия образовалась от прозвища Бердяй — то есть предок получил её за свой пугливый нрав или, напротив, в насмешку над смельчаком. Правдоподобность этой гипотезы ниже, чем у «восточной», потому что следы прозвища Бердяй в письменных источниках встречаются реже, чем документально зафиксированное имя Берди у служилых людей. Но полностью исключать её нельзя: диалектные прозвища давали множество фамилий, и новгородское происхождение Бердяевых тоже возможно.

Часть Бердяевых принадлежала к дворянскому роду, чья родословная прослеживается с 1598 года. Родоначальником считают Якова Васильевича Бердяева, который в XV веке прибыл в Смоленск из Польши. Этот род владел землями под Смоленском и Переяславлем, а его герб выглядел так: в верхней части на красном поле три серебряных наконечника копья, в нижней — на голубом поле серебряная крепость с тремя зубцами. Дворянский статус объясняет, почему фамилия сохранилась в документах и не затерялась среди крестьянских: многие нерусские по происхождению дворяне встраивались в российскую элиту, и Бердяевы — один из таких примеров.

Самый известный носитель фамилии — Николай Александрович Бердяев (1874–1948), русский религиозный философ. Его труды по экзистенциализму и персонализму сделали фамилию узнаваемой далеко за пределами России. В целом же фамилия Бердяев — редкий случай, когда дворянский герб и тюркское имя-основа сходятся в одной родословной, напоминая о сложных культурных связях русского средневековья.