Фамилия Бердянова — женская форма фамилии Бердянов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно в нём скрыта загадка корня. На первый взгляд, основа «Бердян» кажется прозрачной: она совпадает с названием города Бердянск. Но связь здесь не прямая — Бердянск получил имя по реке Берда, а фамилия Бердянов, скорее всего, образована от личного прозвища или имени, а не от топонима.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «берд» или «берди» — «дал», «дар». В татарской и башкирской ономастике распространены имена типа Бердибек, Бердыш, где «берди» означает «он дал». Прозвище Бердян могло означать «дарованный» или «подарок» — так могли назвать долгожданного или позднего ребёнка. Не исключено, что это сокращённая форма от полного имени, например Бердыбай.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Бердянов — «сын Бердяна». Фамилия фиксируется преимущественно в Поволжье и на Урале, где исторически сильны тюркские влияния, а также в казачьих областях. Встречается она нечасто, что делает её локально привязанной — носители, вероятно, происходят из смешанной русско-татарской среды или из старообрядческих общин, где такие прозвища бытовали.

Менее вероятна, но возможна версия от диалектного глагола «бердянить» — говорить вздор, болтать. В этом случае прозвище Бердяня дали бы болтуну или пустослову. Однако тюркская этимология выглядит убедительнее: она объясняет и форму, и географию бытования фамилии, и её внутреннюю логику.