Фамилия Бердыбаев образована от тюркского мужского имени Бердыбай. Оно составное: первая часть — Берди, что значит «он (Бог) дал», вторая — «бай», то есть «хозяин, богатый, могущественный человек, господин». В сумме имя Бердыбай можно понять как «Бог дал мальчика, бая» или «богатырь, дарованный Богом». Фамилия, таким образом, указывает на имя прямого предка по мужской линии.

В основе фамилии — суффикс -ев, который в русской и тюркской ономастике типичен для образования фамилий от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или гласный звук. Модель «имя + -ев» — одна из самых распространённых в среде крещёных тюркских народов, а также в казахской, башкирской и татарской антропонимии.

Своими корнями фамилия уходит в XV–XVII века — время активного взаимодействия славянского населения с выходцами из Золотой Орды, а также с печенегами и половцами. Многие дворянские роды в России имели нерусские корни, и фамилия Бердыбаев — один из примеров такого проникновения восточных имен в русский быт.

Фамилия бытует преимущественно в Казахстане, Башкортостане, Татарстане, а также среди казахов Оренбургской и Астраханской областей. Встречаются варианты написания — Бердыбаев и Бердибаев, что связано с особенностями произношения гласных в разных тюркских диалектах. Однокоренные фамилии — Бердиев, Бердымуратов, Бердыкулов — указывают на ту же основу «берди» (Бог дал), но с разными вторыми компонентами.

Фамилия Бердыбаев — не просто указание на происхождение, а живое свидетельство многовекового культурного обмена между Востоком и Россией.