Фамилия Бердибаева — женская форма фамилии Бердибаев, а ее основа уводит нас в тюркский мир. Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень «Берди-» восходит к тюркскому имени Берды (Берди), которое в переводе с казахского, татарского, башкирского и других тюркских языков означает «дал», «дарованный». В сочетании с компонентом «бай» («богатый», «господин», «хозяин») имя Бердибай буквально осмысляется как «богатство, данное (Богом)» или «дарованный господин». Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного), который указывает на принадлежность: «сын (или потомок) Бердибая».

Особенность этой фамилии — в двойном тюркском корне, что типично для ономастикона народов Средней Азии, Казахстана и Поволжья. Имена типа Бердибай (а также Бердымурат, Бердыкул и т.д.) были распространены у казахов, башкир, татар, отчасти у узбеков и туркмен. Фамилия Бердибаев (и Бердибаева) наиболее частотна в Казахстане, а в России встречается преимущественно среди татар и башкир, особенно в Оренбургской, Челябинской областях и Башкортостане.

Мужская фамилия Бердибаев фиксируется в исторических документах как минимум с XIX века. Например, в ревизских сказках и метрических книгах Оренбургской губернии встречаются записи о башкирах и татарах с этой фамилией. В советское время, с паспортизацией, написание устоялось, хотя в дореволюционных записях могло варьироваться: Бердыбаев, Бердибаев.

С точки зрения социального контекста, предки носителей фамилии, скорее всего, были скотоводами, земледельцами или ремесленниками — типичными представителями тюркских сельских общин. Само имя Бердибай не указывает напрямую на ремесло, но подчеркивает религиозно-благодарственный смысл: ребенок воспринимался как дар свыше, а «бай» в имени обещал ему достаток.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Бердибаев стоит в одном ряду с Бердиевым (от имени Берди), Бердимуратовым, Бердикуловым. Отличие Бердибаева — в дополнительном компоненте «бай», который усиливает значение имени и делает фамилию более редкой, чем просто Бердиев.