Фамилия Бердыбаев образована от тюркского мужского имени Бердыбай. Это имя составное, и его смысл напрямую отвечает на главный вопрос: кем могли быть предки и что значило их родовое имя. Первая основа имени — «Берди» — восходит к значению «он (Бог) дал». Вторая часть — «бай» — в тюркских языках означала «хозяин, богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Сложив обе части, получаем значение: «Бог дал мальчика, бая» или, более развернуто, «Бог даровал сына, который станет богатым и уважаемым человеком».

Такие имена были широко распространены в тюркской среде как пожелание-оберег. Родители, называя сына Бердыбаем, вкладывали в имя надежду на божественное покровительство и будущее благосостояние. В ономастике подобные сложные имена с компонентом «бай» (а также «бек», «хан») типичны для народов Средней Азии, Казахстана, Башкортостана и Татарстана. Фамилия Бердыбаев, таким образом, — это типичная патронимическая модель, образованная по русскому образцу с помощью суффикса -ев. Она отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «потомок Бердыбая».

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия прошла стандартный путь: личное имя Бердыбай → притяжательная форма Бердыбаев (сын Бердыбая) → закрепление в качестве фамилии. Интересно, что в некоторых тюркских языках встречается вариант Бердыбаев с ударением на последний слог, что отражает местные фонетические нормы. Встречаются и родственные фамилии, образованные от того же корня, но с другим суффиксом: Бердыбаев — самый частый вариант, но можно встретить и Бердыбай (без русского суффикса) или Бердыбайулы (в казахской патронимической традиции). Географически фамилия Бердыбаев чаще всего встречается в Казахстане, Кыргызстане, а также среди тюркских народов России, особенно в Оренбургской и Астраханской областях, где исторически были сильны тюркские общины.