Фамилия Бердыбаев образована от тюркского мужского имени Бердыбай, которое восходит к двум основам. Первая из них ведет свое начало от имени Берди, которое означает «он (Бог) дал». Вторая часть имени, «бай», переводится на русский язык как «хозяин, богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Соответственно, имя Бердыбай имеет значение «Бог дал мальчика, бая».