Фамилия Бердыкаев — редкий случай, когда географический ключ к разгадке лежит почти на поверхности. Её основа — тюркское имя Бердыка, которое бытовало у многих народов, но особенно характерно для башкир, татар и казахов. Имя это, в свою очередь, образовано от глагола «бер» (давать) с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ка. Смысл у имени Бердыка, как и у многих древних имён-оберегов, был обманным: «дар» или «тот, кого дали». Родители нарекали так ребёнка, чтобы обмануть злых духов — мол, ребёнок не родной, а подаренный, а значит, не стоит на него покушаться.

Словообразовательная модель здесь простая и устойчивая: суффикс -ев указывает на принадлежность. Бердыкаев — буквально «сын Бердыки» или «потомок Бердыки». Такой тип фамилий (на -ев от имён на -а) типичен для тюркских народов, перешедших на русскую паспортную систему в XIX — начале XX века. В отличие от русских фамилий на -ин, где основа тоже может оканчиваться на -а, здесь не было чередования: Бердыка — Бердыкаев, а не Бердыкин.

Стоит обратить внимание на редкий для русского уха повтор гласных: Бердыкаев. В бытовой речи фамилию часто укорачивают до Бердыка́ев или даже Берды́каев, но исходное ударение, скорее всего, падало на последний слог основы — Бердыка́ев, по аналогии с другими тюркскими фамилиями (Тухватуллин, Сайфуллин). Встречаются варианты написания с одной «к» — Бердыкаев, но это уже влияние русской орфографии, где удвоенные согласные в таких фамилиях редкость.

В сословном отношении предки Бердыкаевых были, вероятнее всего, из башкирских или татарских тептярей (податного сословия) или казахов, перешедших к оседлости. Фамилия не дворянская, не купеческая — скорее, крестьянская или казачья. Встречается она преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и Челябинской области, что подтверждает её южноуральские корни.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Бердыкаев стоит в одном ряду с Бердыевым, Бердиевым, Бердимуратовым. Разница в суффиксе: -каев против -диев или -ыев — это не случайность, а указание на исходное имя. Бердыка — более старая, диалектная форма, чем, скажем, Берди. Поэтому Бердыкаев — фамилия, сохранившая архаичный вариант имени, что делает её особенно ценной для историка языка.