Фамилия Бердюгин образована от прозвища Бердюга. Его происхождение чаще всего связывают с тканким ремеслом. В основе лежит слово «бердо» — деталь ткацкого станка, похожая на частый гребень, через которую пропускают нити основы. Соответственно, Бердюгой могли назвать мастера-бердника, который изготавливал эти гребни, или самого ткача, работавшего за станком. Такая модель образования фамилии — от названия орудия труда через прозвище — типична для русских «профессиональных» фамилий.

Однако у слова «бердо» есть и другое смысловое ответвление. От него произошёл глагол «бердить» — «подавшись вперед, пятиться, откачиваться назад, как бердо». В переносном смысле это означало «трусить, пятиться от слова или дел». Поэтому нельзя исключать, что прозвище Бердюга получил не ремесленник, а робкий или нерешительный человек, который часто менял решения и отступал.

Суффикс -юг- в прозвище (Бердюга) характерен для северных и сибирских говоров, где он придавал слову оттенок пренебрежения или просто указывал на принадлежность к чему-то крупному или характерному. В данном случае он закрепился за человеком, связанным с бердом. Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ин: Бердюгин означает «сын Бердюги». Таким образом, фамилия довольно прозрачна по смыслу и ведет либо к ткацкому ремеслу предков, либо к их особой черте характера.