Фамилия Берколайко звучит нехарактерно для русского уха и сразу выдает южное, скорее всего украинское или белорусское, происхождение. Её выдает суффикс -айко, который в восточнославянской ономастике часто указывает на прозвищное происхождение из говоров западных регионов. Такие фамилии на -айко, -ейко, -ойко были особенно распространены на Волыни, Подолье, в Гродненской области, откуда затем разошлись по всей империи.

Основа фамилии — «Беркола». Разобрать её напрямую сложно, потому что в славянских языках слова «беркола» нет. Скорее всего, перед нами переосмысление или адаптация иноязычного корня. Самая вероятная версия — связь с тюркским или еврейским (идиш) именем или прозвищем. В тюркских языках «берк» означает «крепкий, надежный, сильный» — это известный компонент в именах (например, Берке, Беркут). К нему мог добавиться элемент «-ола» или «-ула». В среде ашкеназских евреев (особенно на территории Украины и Беларуси) фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с идишским «берк» (берёза) или уменьшительной формы имени Берл (медведь). Тогда Берколайко — это «сын (или потомок) Берколая», где Берколай — народная форма какого-то из этих имён.

Менее убедительная, но встречающаяся в любительских толкованиях версия — связь с немецким Berg (гора) или Bergmann (шахтёр, горняк). Однако суффикс -айко в таком случае необъясним: немцы на украинской земле получали фамилии на -ман, -штейн, -берг, а не на -айко. Поэтому тюркское или еврейское происхождение основы выглядит гораздо правдоподобнее.

Сословно фамилия Берколайко не привязана к дворянству. Такие прозвищные фамилии с уменьшительным суффиксом обычно получали крестьяне, казаки или мещане. Носители фамилии в XIX веке фиксируются в основном в Волынской, Киевской и Подольской губерниях — на стыке украинских и белорусских земель, где веками жили компактные группы татар, караимов и еврейского населения, что подтверждает версию о восточном или семитском корне.