Фамилия Берноскуни — редкая, и её значение не лежит на поверхности. В ней отчётливо слышен тюркский след, и, скорее всего, перед нами фамилия-прозвище, сложенная из двух основ.

Первая часть, «берн-», может восходить к тюркскому корню «бир» (один) или «бер» (дай), но с учётом фонетики и типичных прозвищ логичнее предположить основу «берен» (тюрк. «крепкий», «сильный») или «берк» (тюрк. «твёрдый», «надёжный»). Вторая часть, «-оскуни», скорее всего, искажённое «оскуни» или «ускуни», что в тюркских языках связано со значением «костный», «кость» (ср. тур. «оs» — кость, «оsuk» — костяшка). Таким образом, исходное прозвище могло звучать как «Берен-оскуни» — «крепкая кость» или «сильная кость». Так в тюркской среде могли прозвать человека с мощным телосложением, костистого, жилистого или, напротив, того, кто пережил тяжёлую болезнь, но выстоял.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -и, который в данном случае не столько указывает на принадлежность (как -ов/-ин), сколько закрепил прозвище в качестве наследственного именования. Такое оформление характерно для фамилий, возникших на окраинах Русского государства, в зонах активного контакта с тюркскими народами — на юге России, в Поволжье или на Урале. Носители фамилии Берноскуни, скорее всего, потомки служилых людей, казаков или крестьян, получивших своё прозвище от соседей-татар, башкир или ногайцев. Возможно, это потомки тех, кого в старину называли «берносами» или «берниками» — людей с особым говором или внешностью, но здесь основа иная, именно антропологическая, а не диалектная.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается, что подтверждает её локальный и достаточно поздний характер. Она могла возникнуть в среде однодворцев или вольных переселенцев, где прозвища часто давались по яркой внешней примете. Встречается фамилия и сегодня — в основном в южных регионах России и на Украине, что косвенно подтверждает версию о тюркском происхождении основы.