Фамилия Берняев — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между двумя разными корнями, и оба ведут в тюркский мир. Первый и самый очевидный вариант: основа «берен» или «беренч» — в тюркских языках это «первый», «главный», «лучший». Отсюда же пошли фамилии Беренов, Берендяев, а Берняев — это уже русская переделка с характерным суффиксом -ев, который в XVI–XVII веках присоединяли к основам на мягкий согласный. Если так, то предок Берняевых мог получить прозвище Берень (или Берняй) за первенство в каком-то деле — будь то старшинство в роду, удаль в бою или мастерство в ремесле.

Вторая версия уводит в сторону личного имени Берни, которое встречается у татар и башкир. Имя это, в свою очередь, восходит к арабскому «бирр» — «благочестие», «доброта». Тут, правда, русская огласовка «Берня» выглядит нестандартно: обычно такие имена давали форму Берни, Берней. Возможно, сказалось местное произношение или фамилию записали на слух, со смещением ударения. Спор между версиями разрешает география: фамилия Берняев устойчиво встречается в Татарстане, Башкортостане и соседних областях Поволжья — в зоне плотных русско-тюркских контактов. Там же бытуют фамилии Берняков, Бернягин, что подтверждает: корень был живым, а не книжным.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает, что исходная основа оканчивалась на мягкий или шипящий звук: Берень, Берня, Берни. В XVII веке, когда фамилии только закреплялись, такой суффикс могли приписать и к прозвищу, и к крестильному имени, если его произносили на местный лад. Сословно Берняевы в основном были крестьянами и мещанами — дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних фамилий из простонародья.

Если искать параллели, стоит вспомнить фамилию Берендеев — она тоже из тюркского «берен» (первый), но там суффикс -еев, а у Берняева он упростился до -ев. Разница в написании могла возникнуть из-за того, что в разных уездах прозвище записывали по-разному: где-то Берень, где-то Берня. В любом случае, Берняев — фамилия с ясной тюркской основой, которая в русской среде обросла типичным патронимическим окончанием и закрепилась в Поволжье. Никакой тайны, просто живая история языкового соседства.