Фамилия Берняева — женская форма, а мужская, Берняев, восходит к прозвищу или имени Берняй. Это характерный для русских фамилий суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»). Сама основа Берняй — звучит необычно, но укладывается в несколько старых моделей именования.

Самый прямой путь — от тюркского или монгольского имени Берн, Бёрн, что значит «волк». В степных культурах волк — сильный тотемный зверь, и имена с этим корнем давали мальчикам для защиты и силы. Аффикс -яй в русских фамилиях часто превращает имя в ласкательную или обиходную форму: Берняй — это «маленький волк» или «волчонок». Такое прозвище могли дать человеку с волчьей повадкой, хитрому или суровому.

Есть и другая, менее вероятная версия — от тюркского слова «берен» (дающий, щедрый), но она слабее, так как форма Берняй нехарактерна для этого корня. Возможно также, что Берняй — это искажённое крестильное имя Варнава, но в русской традиции Варнава обычно давал фамилии Варнавин, Варнавский, а Берняев — явно другой путь.

Географически фамилия Берняевых встречается в Поволжье и на юге России — в зоне активных контактов с тюркскими народами. Предки носителей этой фамилии с большой вероятностью были служилыми людьми, казаками или крестьянами, получившими прозвище от соседей-татар или башкир. Сама фамилия — нечастая, что говорит о её локальном происхождении: возможно, от одного родоначальника в конкретном селе.