Фамилия Берняцкий образована от прозвища Берняк, которое восходит к старинному слову «берно» — «бревно». Скорее всего, Берняком прозвали лесоруба или человека, который занимался сплавом брёвен по реке. Такое прозвание закреплялось за человеком по его ремеслу и со временем полностью вытеснило исходное имя и в быту, и в документах.

Суффикс -цк- в фамилии Берняцкий указывает на её формирование по польской или западнорусской модели, характерной для шляхты и духовенства. В Речи Посполитой фамилии на -ский сначала обозначали владельца поместья (по названию усадьбы), а позже стали массово присваиваться как знак принадлежности к благородному сословию. Однако на восточнославянских землях этот суффикс нередко добавляли к прозвищам простых людей, подражая престижной модели, — так Берняк мог превратиться в Берняцкого без всякой связи с дворянством.

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам бывшей Российской империи: современным Беларуси, Украине и югу Польши. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от названия небольшого села или хутора Берняки (такие топонимы есть в Беларуси и на Волыни). В таком случае первоначально фамилия указывала не на занятие, а на выходца из этого места.

Слово «берно» родственно литовскому bérnas («парень, работник») и древнепрусскому bernis («дитя»). В русских говорах «берно» означало именно бревно, но в диалектах Полесья и Смоленщины фиксировалось и значение «молодой человек, батрак». Поэтому не исключено, что прозвище Берняк могло относиться не к лесорубу, а к работнику по найму — смысловая связь с бревном здесь вторична.