Фамилия Бетенеков — редкий случай, когда связь с тюркскими языками почти очевидна, а вот точное значение исходного слова остаётся под вопросом. В основе лежит имя или прозвище Бетенек — вероятно, из тюркского «бет» (лицо, лик, а также сторона, страница) с уменьшительным или ласкательным суффиксом -ек. Такая модель характерна для тюркских антропонимов: «бетенек» могло означать «личико», «мордашка», либо указывать на человека с приметной внешностью — например, с заметным лицом или шрамом. Впрочем, есть и другая версия: в некоторых тюркских диалектах «бетенек» — это растение, разновидность полыни или мелкий кустарник, так что прозвище могло достаться сборщику трав или жителю местности, где такой кустарник рос.

Русский суффикс -ов превратил тюркское прозвище в фамилию по стандартной модели: Бетенек → Бетенеков, то есть «сын Бетенека», «из рода Бетенека». Фамилия явно недворянская и недуховная — такие окончания в массе своей получали крестьяне и служилые люди, особенно в южных и восточных регионах России, где контакт с тюркским населением был плотным. Географически Бетенековы чаще всего встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — это подтверждает тюркский след: предки могли быть башкирами, татарами или казахами, перешедшими в православие и получившими фамилию по отцу.

Спорных версий немного. Иногда Бетенеков пытаются вывести из славянского «бетень» (удар, толчок) — но это натяжка: такого корня в русских говорах нет, а слово «бетенек» в славянских языках не зафиксировано. Ещё реже фамилию связывают с калмыцким «беткн» (крепкий, плотный) — возможно, но менее вероятно, поскольку калмыцкое влияние на русские фамилии ограничено.

Написание фамилии устойчиво: Бетенеков. Вариант Бетеников — ошибка на письме, не отдельная фамилия. В дореволюционных метриках встречается Бетене́ков с ударением на последний слог, что тоже типично для тюркских заимствований. Словом, если вы Бетенеков, ваши предки, скорее всего, жили на границе степей и лесов, носили тюркское имя или прозвище, а фамилию получили уже после крещения — лет триста-четыреста назад.