Фамилия Бетенекова — вариант женского рода от мужской фамилии Бетенеков. В русской традиции фамилии на -ов/-ев образуются от основ, оканчивающихся на согласный или -й, а суффикс -ин — от основ на -а/-я. Здесь мы видим типичную патронимическую модель: фамилия происходит от прозвища или имени предка.

Основа «Бетенек» звучит тюркски. Скорее всего, это русифицированная форма тюркского имени или прозвища. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) корень «бет» может означать «лицо», «лик», а также «страница» или «бок». Уменьшительный суффикс -ек даёт значение «личико» или «маленькое лицо». Прозвище Бетенек могли дать человеку с приметной внешностью — круглолицему, с выразительными чертами или, наоборот, с каким-то изъяном на лице. Впрочем, есть и другая версия: «бетенек» в некоторых тюркских диалектах — это название мелкой монеты или весовой единицы, что могло указывать на торговца, менялу или человека, который «ходит по мелочам».

Географически фамилия Бетенековы встречается в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Это регионы, где веками жили татары, башкиры и казахи, переходившие в православие или получавшие фамилии по русскому образцу. В метрических книгах XIX века попадаются записи о Бетенековых из крещёных татар Оренбургской губернии. Сословно это были в основном государственные крестьяне или казаки, реже — мещане.

Словообразовательная модель фамилии простая, но не самая частая: суффикс -ек в основе, а затем русский патронимический суффикс -ов. Такое сочетание встречается у фамилий тюркского происхождения, которые не успели «обрубеть» до короткой формы (ср. Бетеев, Бетин). Близкие по структуре фамилии — Бетенёв (с другим суффиксом) и Бетеков. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог: Бетенéкова, хотя в устной речи встречается и Бéтенекова.

Таким образом, носительница фамилии Бетенекова может с высокой вероятностью проследить свои корни к тюркскому прозвищу, связанному либо с внешностью, либо с мелкой торговлей, а её предки жили на южном Урале или в Заволжье.