Фамилия Бидюкин образована от прозвища Бида через промежуточную форму Бидюк. Основа здесь — украинское слово «бiда» (беда), но значение у прозвища могло быть не таким мрачным, как кажется. Древние славяне представляли беду в виде демонического существа, которое странствует по свету в поисках несчастных. Отсюда и пословицы: «Беда спит, а по людям ходит», «Где беда ни голодала, а к нам на пирушку попала». Прозвищем Бида нередко нарекали ребенка с охранительной целью — чтобы злые силы обходили его стороной, думая, что беда уже здесь. Родители, надеясь вырастить счастливого мальчика, давали ему имя-оберег.

Но есть и другая версия. На Украине «бидой» называли двухколёсную повозку. В таком случае прозвище Бида мог получить либо владелец такого транспорта, либо тот, кто их мастерил. Вторая версия объясняет появление суффикса -юк-, характерного для украинских фамилий: Бидюк — это уже «сын или потомок Биды». Со временем, вероятно, род Бидюк переехал в Россию, где фамилию русифицировали, добавив типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Так Бидюк превратился в Бидюкина — «чей?» — то есть потомка того самого Бидюка.