Фамилия Биркины, как и многие русские фамилии, произошла от личного прозвища. В основе лежит слово «бирка» — так называли палочку или дощечку с зарубками для счета, а также деревянную табличку с номером или надписью, которую привязывали к товарам или к гриве лошади. Отсюда и главная версия происхождения: предок, получивший прозвище Бирка, мог быть торговцем, который метил свой товар, или коневодом, разводившим лошадей. Модель образования типична для русского ономастикона: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Биркин — «сын Бирки» или «человек из рода Бирки».

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имен с твердыми согласными в основе, фамилии на -ин обычно связаны с основами на -а/-я. Это делает разговор о происхождении более прозрачным: прозвище Бирка напрямую легло в основу, минуя сложные словообразовательные цепочки. Интересно, что слово «бирка» в древнерусском языке имело и переносный смысл — так могли назвать приметливого, дотошного человека, который всё «зарубает на носу», то есть помнит и учитывает.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс становления фамилий в разных слоях населения растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век. Однако сама фамилия Биркины — не единичный случай. Однокоренные фамилии (Бирков, Бирюков, хотя последняя восходит к другому корню — «бирюк») встречаются в разных регионах, что говорит о широком бытовании прозвища. В современных адресных книгах и базах данных фамилия Биркин встречается нечасто, что позволяет отнести ее к числу относительно редких, но при этом прозрачных по смыслу.