Фамилия Бисева — редкий случай, когда основа почти наверняка связана с миром природы, а не с личным именем или профессией. В её основе лежит слово «бис», которое в русских говорах имело два значения: во-первых, это старинное название бисера (от арабского «бусра» — стеклярус), а во-вторых, в некоторых диалектах так называли серый, пепельный цвет — «бисый», «бисоватый». Скорее всего, прозвище Бис или Бисей дали человеку с очень светлыми, седыми волосами или с бледной кожей, которую в народе сравнивали с бисером за матовость и мелкий оттенок. Суффикс -ев указывает на притяжательную форму: Бисева — это «дочь или жена Бися».

Примечательно, что фамилия встречается почти исключительно в женском роде, что нетипично для русских фамилий, которые обычно имеют парную форму (Иванов — Иванова). Бисева — это именно женская форма, а мужской аналог (Бисев) крайне редок и почти не фиксируется в исторических документах. Это может говорить о том, что фамилия закрепилась в какой-то локальной общине, где прозвище дали женщине — например, вдове или хозяйке дома, а потомки уже наследовали фамилию в женском варианте.

Есть и другая, менее вероятная версия — от тюркского имени Бисей (с ударением на последний слог), которое восходит к арабскому «басит» — «распространяющий», «щедрый». Но для русского бытования эта гипотеза слабее: в центральных и северных губерниях, где фиксируются единичные случаи фамилии, тюркские корни почти не прослеживаются. Скорее всего, предки современных носительниц Бисевой жили в Псковской или Тверской области, где диалектное слово «бисый» было в ходу до XX века. Фамилия не получила широкого распространения и осталась редкой, что делает её своеобразным диалектным маркером — по ней можно угадать регион происхождения семьи.