Фамилия Бобанина — женская форма, а мужская, Бобанин, встречается реже. Сразу бросается в глаза характерный суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» → «сын Бобани». Значит, искать корень нужно в личном имени или прозвище Бобаня.

Что такое «Бобаня»? Здесь возможны два пути, и оба ведут к прозвищам, а не к официальным крестильным именам.

Первая и самая прямая версия — от слова боб. Бобаня — человек, имевший отношение к бобам: либо крестьянин, сеявший и торговавший бобами, либо, в переносном смысле, прозвище по внешности (полный, круглый, «бобовидный») или по характеру (медлительный, «разваристый»). В ономастике это ряд фамилий вроде Бобов, Бобков, Бобылёв. Суффикс -аня в прозвищах часто придаёт ласкательный или бытовой оттенок (ср. Грушаня, Козаня).

Вторая версия сложнее и уводит в диалекты. В некоторых русских говорах «бобаня» — это не растение, а местное название выпи (болотной птицы) или, реже, баклана. Прозвище Бобаня могли дать человеку с голосом, похожим на крик выпи (глухой, «бычащий» звук), либо с внешностью, напоминающей эту птицу. Эта версия менее вероятна, но она объясняет, почему фамилия не получила массового распространения: прозвище было узкорегиональным.

Географически фамилия Бобанина нечастотна. Встречается в основном на севере европейской части России — в Вологодской, Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это типичные зоны бытования фамилий на -ин и -их/-ых, где прозвища часто закреплялись именно в такой форме. Связи с боярскими или дворянскими родами нет: это фамилия крестьянская, ремесленная или однодворческая.

Стоит заметить, что ударение в фамилии плавает: в одних семьях говорят Боба́нина, в других Бобани́на. Второй вариант, с ударением на последний слог, может намекать на украинское или белорусское происхождение (там суффикс -ин нередко перетягивает ударение), но для данной фамилии это скорее исключение.

Итог простой: предок нынешних носителей фамилии получил прозвище Бобаня — скорее всего, за связь с бобовыми культурами или за внешнее сходство с бобом. Фамилия не выдумана и не привозная, а выросла из живого народного языка.