Фамилия Бобковская — женская форма от Бобковский, и её разбор лучше начать с суффикса. Модель на -ский почти всегда указывает на дворянское или шляхетское происхождение, либо на связь с географическим названием. В русской традиции такие фамилии чаще всего получали выходцы из Польши, Украины или Беларуси, где топонимический тип был основным. Основа здесь — Бобково, Бобков или Бобки: село, урочище или поместье, названное по прозвищу владельца Бобок. Само прозвище Бобок — уменьшительное от «боб»; так могли назвать невысокого плотного человека, либо того, кто занимался выращиванием бобов. В ономастике известен и вариант Бобко — распространённая украинская и польская фамилия, от которой через притяжательный суффийс -ов- и топонимический -ск- образовалось Бобковский.

Менее вероятна, но возможна и чисто русская версия: происхождение от фамилии Бобков через добавление суффикса -ский в семинарской среде. Семинаристы нередко русифицировали или облагораживали простые фамилии, превращая Бобкова в Бобковского. Однако для этого случая характерно, что носители фамилии Бобковская в дореволюционных записях встречаются в западных губерниях — Могилёвской, Волынской, Киевской, что подтверждает польско-литовский след. В этих землях шляхта часто носила фамилии по названию своего имения, а Бобково или Бобки — реальные топонимы: например, деревня Бобково есть в Витебской и Ровенской областях.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Бобок → владение Бобково → владелец Бобковский → его жена или дочь Бобковская. Если предок не был шляхтичем, фамилия могла возникнуть у крестьян, переселившихся из деревни Бобково: в XIX веке бывшие крепостные нередко получали фамилию по месту прежнего жительства. Таким образом, Бобковская — фамилия с ясной географической привязкой и почти без альтернативных толкований. Спорных версий, требующих опровержения, здесь нет: все варианты сводятся к одному корню — боб, бобок, бобковый.