Фамилия Бобылкин образована от прозвища Бобылка. В русских говорах бобылкой называли одинокую женщину, вдову или бедную крестьянку, не имевшую своего хозяйства и жившую в людях. Мужской вариант — бобыль — означал безземельного, одинокого крестьянина, батрака. Прозвище Бобылка могла получить женщина с такой судьбой, а её дети или муж (по имени жены) становились Бобылкиными. Это типичная «материнская» фамилия, образованная от женского прозвища с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Бобылкин, то есть сын или потомок Бобылки.

Слово «бобыль» в русском языке известно с XV века и первоначально обозначало крестьянина, который не нёс государственного тягла (налога) из-за бедности или отсутствия земли. Со временем у слова появился и переносный смысл — «одинокий человек». Прозвище Бобылка, таким образом, несло оттенок социальной неустроенности и одиночества, но в фамилии этот смысл стёрся, став лишь родовым именем.

В отличие от более распространённой фамилии Бобылёв (от мужского прозвища Бобыль), Бобылкин встречается реже. Это говорит о том, что её носители, вероятно, происходят из локальной группы, где прозвище закрепилось именно в женской форме. Среди однокоренных фамилий — Бобыльков, Бобыльский, Бобынин. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Бобылка в северных и центральных уездах России, что указывает на возможную географию происхождения фамилии — территории бывшего Новгородского княжества и Верхнего Поволжья.

Фамилия недворянская, а крестьянская или мещанская по происхождению. Её носители — потомки тех самых безземельных батраков или одиноких женщин, чьё социальное положение отразилось в прозвище. В современной России фамилия Бобылкин редкая, встречается в основном в центральных областях и на Урале.