Фамилия Бобыльковы происходит от прозвища Бобылёк, которое восходит к слову «бобыль». На Руси с XV по начало XVIII века бобылями называли крестьян, не имевших собственного земельного надела. Позже, со второй половины XV века, появились частновладельческие бобыли — и сельские, и городские. Они могли заниматься земледелием, ремеслом, мелкой торговлей или работать по найму. Прозвище Бобылёк, таким образом, указывало на социальное положение и род занятий основателя фамилии.

Но у слова «бобыль» было и другое, бытовое значение — одинокий человек, холостяк. В народной речи так говорили о бессемейных, бобылях в прямом смысле. Поэтому прозвище могли дать и просто одинокому мужчине, не обзаведшемуся хозяйством и семьёй.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бобыльков, то есть сын или потомок Бобылька. Такая модель (прозвище на -ек + -ов) встречается реже, чем обычные фамилии от полных имён или профессий, и это делает фамилию Бобыльковы заметной среди однокоренных — Бобылёв, Бобылев, Бобыльских.

Географически фамилия встречается в разных регионах, но чаще — в центральной России и Поволжье, где бобыльство было особенно распространено. Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские фамилии фиксировались в документах позже дворянских. Тем не менее, фамилия Бобыльковы сохранила память о давнем социальном слое — людях, которые жили своим трудом, но без земли, и это делает её интересным памятником русской истории и языка.