Фамилия Бобылькова — типичная русская фамилия, образованная от прозвища или мирского имени Бобылёк. В её основе лежит слово «бобыль», которое в XV — начале XVIII века обозначало крестьянина, не имевшего собственного земельного надела. Бобыли — особая социальная прослойка на Руси: они не несли полного тягла (повинностей в пользу государства или помещика), но могли заниматься ремеслом, мелкой торговлей или работать по найму. Со второй половины XV века встречались как сельские, так и городские бобыли — люди, выпавшие из традиционной общинной структуры.

Уменьшительный суффикс -ек в прозвище Бобылёк мог указывать на молодость или неполноту статуса: не просто бобыль, а «бобылёк» — человек, который ещё не обзавёлся хозяйством или семьёй. В разговорной речи слово «бобыль» закрепилось и за одинокими, бессемейными мужчинами. Поэтому прозвище могло относиться и к холостяку, и к человеку, живущему отдельно от родни.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Бобыльк- (от Бобылёк с беглой гласной) прибавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «чей?» — Бобыльков. Женская форма Бобылькова — это буквально «жена или дочь Бобылькова». Фамилия встречается в разных регионах России, но наиболее характерна для центральных и северных областей, где бобыльство было особенно распространено. В документах XVII–XVIII веков можно найти подобные фамилии в переписных книгах, например, в Вологодском и Архангельском уездах.

Слово «бобыль» дало жизнь целому гнезду фамилий: Бобылёв, Бобыльков, Бобылев, Бобылёвский. Фамилия Бобылькова — одна из редких, сохранивших именно суффиксальную форму прозвища. Она прямо указывает на социальное положение предка — безземельного крестьянина или одинокого человека, что для русского ономастикона типично: фамилии нередко фиксировали не профессию, а место человека в сословной иерархии.