Фамилия Бобырь — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию без изменений, без суффиксов -ов или -ин. В основе лежит диалектное слово «бобырь»: в воронежских говорах так называли рыбку пескаря. Прозвище Бобырь могли дать человеку рассудительному, неторопливому — по ассоциации с поведением этой рыбы. Возможна и другая, бытовая версия: так могли прозвать рыбака или того, кто торговал мелкой рыбой.

Фамилия сохранила исходную форму, что указывает на её украинское или южнорусское происхождение — в этих регионах фамилии без типичных русских суффиксов встречаются чаще. Встречается она и в польском ономастиконе, где слово «boby» означало «бобы», а «bobyr» могло быть прозвищем человека, выращивавшего бобы или торговавшего ими. Но в русском контексте версия с пескарём выглядит убедительнее: она подтверждена диалектными записями и объясняет, почему прозвище не переделали в более привычную форму вроде Бобырёв.

Фамилия Бобырь — нечастая. Её носители встречаются на юге России, в Черноземье и на востоке Украины. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён, эта напрямую связана с живым народным словом, с бытом и речью тех мест, где «бобырь» был понятен каждому.