Фамилия Бобыр — редкий случай, когда основа, скорее всего, не связана с известным словом «бобёр». Если бы фамилия произошла от названия пушного зверя, мы бы видели форму Бобров или, в южнорусском акающем варианте, Бабров. Здесь же корень другой, и география подсказывает разгадку.

Фамилия явно украинского или южнорусского происхождения. В её основе лежит прозвище Бобырь. В украинских говорах «бобир» или «бобыр» — это рыба бычок (подкаменщик), а также мелкая рыбёшка вообще. Прозвище могли дать невысокому, юркому человеку или, напротив, тому, кто промышлял ловлей мелкой рыбы. Вторая версия — диалектное слово «бобырь» в значении «болтун», «пустомеля» (от глагола «бобырить» — говорить вздор). Третья, менее вероятная, связывает прозвище с «бобом» — так могли назвать человека круглолицего или медлительного.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ь (мягкий знак на конце) в украинских прозвищах часто указывает на лицо мужского пола, а затем фамилию русифицировали, отбросив мягкий знак и добавив русское окончание. Получилась форма Бобыр (с нулевым окончанием), типичная для украинских фамилий, которые в русском языке не склоняются по падежам как прилагательные.

Встречается фамилия в основном в Черниговской, Сумской и Полтавской областях Украины, а также в приграничных районах России (Белгородская, Курская области). Носители фамилии Бобыр — это потомки крестьян или казаков, получивших прозвище за характерную внешность, занятие или манеру речи.