Фамилия Бочарина — одна из тех, что прямо указывает на ремесло предка. В её основе лежит прозвище Бочара, а то, в свою очередь, восходит к слову «бочар» — так в старину называли мастера, выделывающего бочки, то есть бондаря. Название профессии было широко распространено: бочки и кадки требовались повсеместно — для хранения зерна, солений, мёда и вина. Люди хорошо знали свойства разных пород дерева: например, берёзовая клёпка не выделяла смолу даже в жару, что делало такую посуду особенно ценной.

Фамилия образована по модели, типичной для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Бочары). Это отличает её от более распространённого варианта Бочаров, который строится по схеме с суффиксом -ов. Встречаются обе формы, и обе восходят к одному корню, но Бочарина — форма женского рода, а также вариант, который мог закрепиться за конкретной ветвью рода.

Прозвище Бочара, скорее всего, не было официальным именем, а заменяло его в быту из-за своей точности. Со временем оно перешло в фамилию, и сейчас носители фамилии Бочарина могут с уверенностью связывать своё происхождение с бондарным делом. В документах фамилия фиксируется с XIX века. Например, в Книге памяти Московской области упоминается Бочарин Пётр Михайлович, родившийся в 1894 году в посёлке Молоканский Средне-Азиатской железной дороги — это одно из ранних документальных свидетельств бытования фамилии.