Фамилия Бодакова — женская форма фамилии Бодаков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Бодак. В русских говорах слово «бодак» имело несколько значений. Наиболее вероятное — «упрямый, бодливый человек» (от глагола «бодать», то есть толкать, бить рогами). Так могли прозвать человека с неуживчивым, строптивым характером, который постоянно спорил и «бодался» с окружающими. В некоторых диалектах бодаком называли растение чертополох или репейник — отсюда могло пойти прозвище колючего, цепкого человека.

Менее распространённая версия связывает фамилию с географическим названием. В Вологодской и Архангельской областях встречаются речки и урочища с корнем «бод-» (например, река Бода). В таком случае Бодаковы — выходцы с берегов этих рек. Однако для фамилии Бодакова эта версия менее убедительна: прозвищная основа встречается чаще и логичнее объясняет словообразование.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования отчества-фамилии: Бодак → сын Бодака → Бодаков. Фамилия зафиксирована преимущественно в центральных и южнорусских регионах, а также на Среднем Урале, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках. Встречается вариант написания с одной буквой «к» — Бодаков, но форма с двойным «к» (Бодакков) нетипична для русского языка и почти не встречается.

Среди носителей фамилии нет общеизвестных исторических деятелей или знаменитостей — это рядовая крестьянская или мещанская фамилия, каких тысячи. Но именно в этом её ценность: она сохранила память о прозвище предка, которое ярко описывало его характер или внешность.