Фамилия Боденоков — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. При первом взгляде на неё возникает соблазн связать её с французским словом «боден» (boudin — кровяная колбаса) или с немецкой фамилией Боден (Boden — земля, дно). Однако русская ономастика предлагает более вероятное и логичное объяснение, связанное с внутренней формой слова.

Ключ к разгадке — суффикс -ок- в основе «Боденок». В русских фамилиях этот суффикс часто указывает на уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму личного имени. Скорее всего, в основе лежит древнерусское нецерковное имя Боденя. Такие имена образовывались от глагола «бодать» или прозвища «Бодень» — так могли назвать человека с острым языком, упрямого, «бодливого», или же того, кто работал с рогатым скотом. Форма «Боденок» — это ещё более уменьшительное, почти семейно-бытовое прозвище: «маленький Боденя» или «сын Бодени». Таким образом, фамилия Боденоков означает «потомок Боденка».

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия построена по классическому для русских фамилий принципу: прозвище на -ок (Боденок) + патронимический суффикс -ов, дающий ответ на вопрос «чей?». Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде, где было распространено «яканье» (произношение «е» как «я»), но в закрепившемся написании сохранилась литературная норма.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и, возможно, украинским говорам, где слово «бодать» и производные от него (бодня, бодайло) встречаются чаще. Встречается она и среди казачества, что неудивительно: прозвища, подчёркивающие характер, там ценились. Сословного барьера у фамилии не было: Боденоковым мог быть и крестьянин, и мещанин, и однодворец — всё зависело от того, в какой среде прозвище дали и закрепили.

Что касается альтернативных версий, то версия о французском или немецком корне выглядит натянутой: для её подтверждения нет ни исторических данных о массовой миграции носителей таких фамилий в Россию, ни следов дворянского герба с такой фамилией. Поэтому самая правдоподобная гипотеза — исконно славянское происхождение от прозвища, данного за колкий нрав или внешнее сходство с бодливым животным.