Фамилия Бодукова — женская форма фамилии Бодуков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Бодук, которое, скорее всего, восходит к диалектному глаголу «бодать» или существительному «бодун» (тот, кто бодается, упрямый человек). Такие прозвища на Руси давали за характер: бодучий, драчливый, неуступчивый. Слово «бодук» могло также означать «баран» или «козёл» — в переносном смысле, как обидное или шутливое прозвище упрямца.

Модель образования проста: к основе на твёрдый согласный (-к) добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, получив Бодуков, а затем — окончание женского рода -а. Фамилия могла возникнуть в любой местности, где бытовало слово «бодук», но особенно вероятны северные и центральные регионы России, где диалектная лексика с корнем «бод-» встречается чаще.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась не позднее XVII–XVIII веков, в среде крестьян и посадских людей. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образовывали от имён на -а/-я, Бодуков — типичный пример «отчества от прозвища», массово закрепившегося после отмены крепостного права.

Интересно, что фамилия редкая и не имеет очевидных параллелей с тюркскими или финно-угорскими корнями, хотя изредка её путают с фамилией Бодунов (от «бодун» — пьяница). Но Бодукова — скорее про характер, а не про привычку. В современных справочниках фамилия почти не упоминается, что говорит о её узком географическом бытовании, возможно, в одной-двух областях.