Фамилия Бодюков образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бодюков, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Бодюк. Основа фамилии — Бодюк — представляет собой типичное для восточнославянской ономастики прозвище, образованное с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -юк, который часто встречается в украинской и белорусской среде. Таким образом, Бодюк — это «маленький Бодя» или «сын Боди».

Корень «Бод-» восходит к глаголу «бодать» — толкать рогами, колоть. Прозвище Бодюк могли дать человеку с упрямым, драчливым характером, тому, кто постоянно «лезет в драку» или «бодается», как бык. В говорах слово «бодя» также означало задиру, забияку. Есть и менее распространённая версия: в некоторых диалектах «бодя» — это увалень или неуклюжий человек, но семантика «колющего, бодучего» поведения выглядит более прямой и правдоподобной.

География фамилии Бодюков указывает на её южнорусское или украинское происхождение. Суффикс -юк характерен для фамилий, возникших на территории современной Украины и юга России, особенно в бывших чернозёмных губерниях. В XIX веке носители фамилии фиксируются в документах Воронежской и Курской губерний, откуда позже могли переселяться в другие регионы. Это подтверждает, что предки Бодюковых были, скорее всего, крестьянами или однодворцами, жившими в зоне активного смешения русского и украинского населения.

С точки зрения словообразовательной модели, Бодюков стоит в одном ряду с фамилиями Бодров, Бодягин, Бодяк — все они отталкиваются от корня «бод-», но различаются суффиксами. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Бодюк не было широко распространено: оно довольно конкретное, почти обидное, и закреплялось скорее за отдельными семьями, а не за целыми сёлами.