Фамилия Богдеев — редкий случай, когда основа почти наверняка указывает на географию, а не на личное имя или прозвище. В русском языке нет слова «богдей», и на привычное имя Богдан она похожа лишь отдалённо. Ключ к разгадке — суффикс -ев, который в русских фамилиях обычно присоединяют к основам на мягкий согласный или -й. Но здесь он стоит после твёрдого «д», что само по себе необычно.

Скорее всего, перед нами русифицированная форма тюркской фамилии. В тюркских языках, особенно в казахском и татарском, распространено имя или прозвище «Богдай» (в разных диалектах — «богдей»), которое означает «пшеница» или «хлеб». Человек мог получить такое прозвище за цвет волос (спелый колос), за занятие хлебопашеством или как торговец зерном. Когда эта фамилия попала в русскую среду, её привели к привычной модели: к основе Богдей- добавили русский патронимический суффикс -ев, получив «Богдеев» — то есть «сын (потомок) Богдая».

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — искажение фамилии Богданов. В южнорусских говорах, где «акают» и смягчают согласные, Богданов мог превратиться в Богдянов, а затем, при записи, в Богдеев. Однако для такого перехода нет устойчивых диалектных закономерностей, и версия с тюркским корнем выглядит убедительнее.

Фамилия крайне редкая. Основной ареал её бытования сегодня — юг России, Поволжье и регионы со смешанным русско-тюркским населением. Носители фамилии Богдеев, как правило, имеют корни в среде, где русский язык соприкасался с тюркскими наречиями — среди казаков, крестьян бывших южных губерний или переселенцев из Средней Азии. Сословно предки могли быть как крестьянами-земледельцами (что прямо перекликается со значением «пшеница»), так и мещанами или казаками.

Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что только подтверждает её локальный, народный характер. Это не фамилия аристократии или духовенства, а типичный пример того, как прозвище, данное по занятию или внешности, закрепилось в документах и дошло до наших дней в слегка русифицированном обличье.