Фамилия Богодухова, вероятно, относится к числу семинарских фамилий. В ее основе лежит прилагательное «Богодуховаенный», т.е. Богом одухотворенный. Одним из таких семинаристов и стал предок Богодуховаых. Однако нельзя исключить, что прозвище Богодух получил благочестивый человек, крестьянин, усердно соблюдавший религиозные правила и посещавший церковь. Согласно еще одной версии, эта фамилия восходит к названию украинского города Богодухова. В этом случае она содержит указание на место жительства основателя рода Боходуховых. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Богодух, со временем получил фамилию Богодухова.