Фамилия Богодухова — один из ярких примеров так называемых искусственных, или семинарских, фамилий. Их в XVIII–XIX веках массово придумывали в духовных училищах и академиях для учеников, у которых не было наследственной фамилии. Семинаристам часто давали «говорящие» фамилии, образованные от церковнославянских слов и понятий. В основе фамилии Богодухова лежит прилагательное «богодухновенный» — то есть вдохновлённый Богом, исполненный Святого Духа. Так могли назвать начитанного или особенно усердного в молитве ученика. Со временем фамилия закрепилась за его потомками.

Однако это не единственная версия происхождения. Возможно, прозвище Богодух получил не семинарист, а простой благочестивый человек — крестьянин или горожанин, который строго соблюдал религиозные обряды, часто посещал церковь и отличался набожностью. В народной среде такие прозвища могли даваться по заметной черте характера или поведения.

Есть и географическая версия. Фамилия могла образоваться от названия города Богодухов, который находится в Харьковской области Украины. В этом случае предок Богодуховых был выходцем из этого города, и фамилия указывает на его прежнее место жительства. Такая модель характерна для многих русских и украинских фамилий: человек, переселившийся из Богодухова, получал прозвище Богодухов, которое затем передалось детям.

Словообразовательная модель проста: к основе «Богодух-» добавился типичный русский суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую линию рода или на форму фамилии в родительном падеже. В мужском варианте фамилия звучит как Богодухов.

Таким образом, фамилия Богодухова может иметь три разных корня: семинарский, прозвищный или топонимический. Наиболее правдоподобной выглядит первая версия — искусственное происхождение в духовной среде, поскольку сложные составные фамилии с корнем «бог» редко возникали стихийно в крестьянской среде. Но окончательно определить истину без генеалогического исследования конкретной семьи невозможно — в каждом роду своя история.