Фамилия Богородь — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение стоит искать не в крестьянском прозвище, а в стенах духовных училищ. Это так называемая семинарская фамилия, которую давали будущим священникам или их детям. Искусственный характер таких фамилий — их главная отличительная черта: они не вырастали из бытового общения, а придумывались наставниками для благозвучия или назидания.

Основа фамилии — «Богородь», что является усечённой формой от «Богородица». Дева Мария, мать Иисуса Христа, — центральная фигура христианства, особенно почитаемая в православии. Церковное предание относит её рождение примерно к 20 году до нашей эры, а земную кончину — к 48 году нашей эры. Выбор такой основы для фамилии был типичен для семинарий: воспитанникам нередко давали «говорящие» фамилии, связанные с церковными праздниками, именами святых или иконами. Так появились Рождественские, Успенские, Вознесенские и, в том числе, Богородские или Богородь.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Вместо привычного суффикса -ский (как в фамилии Богородский) или -ин (Богородицын) использован нулевой суффикс. По сути, фамилия представляет собой чистую основу, что делает её похожей на прозвище, но с оговоркой: в народной среде такое прямое именование в честь Богородицы вряд ли закрепилось бы — это нарушало бы этикет. Поэтому искусственное, семинарское происхождение остаётся наиболее правдоподобной версией.

Существует и вторая гипотеза, более прозаичная. Фамилия могла образоваться от названия населённого пункта — села Богородского. Таких сёл в России множество, и название они получали по церкви Пресвятой Богородицы, стоявшей в центре. Если бы предок носителя фамилии переехал из такого села, его могли записать как «Богородь» — то есть «выходец из Богородского». Однако эта версия упирается в ту же редкость модели: обычно выходцев из Богородского называли Богородскими или Богородицкими. Форма без суффикса — скорее исключение, которое подтверждает правило об искусственном происхождении.

Фамилия Богородь — штучная, не массовая. Она не встречается в списках распространённых русских фамилий и не имеет широкой географии. Её носители — потомки, скорее всего, одного священнического рода, получившего это имя в семинарии. В дореволюционной России такие фамилии нередко оставались в духовном сословии на несколько поколений, пока не уходили в другие слои общества после отмены сословных ограничений.