Фамилия Боговеев — редкий пример, где корень не спрятан за столетиями фонетических изменений, а лежит на поверхности. Её основа — «Бог» и «веять» (или «ведать»), и сразу возникает соблазн прочитать фамилию как «тот, кто веет Бога» или «ведающий Богом». Но в русской ономастике такие прямолинейные толкования почти всегда ошибочны.

На деле перед нами — притяжательное прилагательное с суффиксом -ев, образованное от прозвища или мирского имени Боговей. Такое имя могли дать в крестьянской или посадской среде. Вторая часть — «вей» — восходит к глаголу «веять» в значении «дуть, обдавать ветром». Боговей — это человек, которого в шутку или всерьёз называли «Божьим ветром»: либо за лёгкость, быстроту, либо за то, что он, как ветер, появлялся и исчезал. В народной культуре ветер нередко связывали с божественным дыханием, так что прозвище могло быть и метафорическим — «посланный Богом, как ветер».

Менее вероятна, но не исключена связь с глаголом «ведать». Тогда Боговей — «знающий Бога», то есть набожный, церковный человек. Однако в древнерусских источниках форма «Боговей» не встречается как книжное имя, а вот прозвища от «веять» фиксируются (ср. Ветров, Ветровов). К тому же суффикс -ей в прозвищах типичен для глагольных основ: Гуляй, Непей, Дерзай. Боговей вписывается в этот ряд как «Богом веющий» — то есть несущий что-то божественное, как ветер.

Фамилия редкая и, вероятно, имеет узкую географическую привязку. По данным переписей и телефонных справочников, Боговеевы встречаются в центральных областях России (Тверская, Ярославская, Московская) и на Урале. Это говорит о том, что фамилия не получила широкого распространения и могла возникнуть в одном или нескольких соседних сёлах, где прозвище Боговей закрепилось за родом.

Социально фамилия почти наверняка крестьянская: в дворянских и духовных родах такие «простые» прозвищные основы не приживались. Священники получали фамилии от названий церквей или семинарские, а Боговеев звучит слишком по-народному. Так что, скорее всего, предки носителя этой фамилии — крестьяне или ремесленники, получившие прозвище за характер или повадку, а не за богословские заслуги.