Фамилия Богуто происходит от прозвища, и её значение напрямую связано с тем, какую характеристику давали человеку в древнерусской среде. Основная версия выводит прозвище из диалектного слова «богот» — омут, подводная яма, котловина. Водная лексика часто переходила на характер: Богутом могли назвать человека скрытного, нелюдимого, с которым лучше не связываться — как с глубоким и темным омутом.

Кроме того, существовал глагол «боготать»: кружить, ходить вокруг, клокотать. Если человек постоянно вертелся вокруг других, собирал слухи или наговаривал, его прозвище тоже могло звучать как Богуто. В этом случае фамилия указывала бы на сплетника или клеветника.

Есть и восточная гипотеза, хотя она менее вероятна для славянской среды. Татарское «богау» означает кандалы, оковы. Если принять эту версию, прозвище могло относиться к человеку, который носил оковы, либо к тому, кто был крепок и несвободен в переносном смысле. Но для фамилий, бытующих в центральных и западных русских землях, славянское объяснение через «омут» и «кружение» выглядит органичнее.

Фамилия образована с помощью суффикса -о, что характерно для прозвищ, закрепившихся в качестве родового имени. Такая модель встречается реже, чем патронимы на -ов/-ев или -ин, поэтому фамилия Богуто сохраняет архаичную, почти диалектную форму.