Фамилия Боханко звучит на слух как типичная украинская или белорусская, и это первая подсказка. Её выдает суффикс -ко, который в восточнославянских фамилиях выполняет роль уменьшительного или патронимического показателя. В украинском языке такие фамилии на -ко (Боханко, Иванко, Петренко) часто означали «сын такого-то» или «маленький, младший». Если перед нами патроним, то основа Бохан — это, скорее всего, народная форма крестильного имени. Какое имя могло дать такую форму? Самый вероятный кандидат — Богдан. В разговорной речи имя Богдан легко сокращалось до Богданко, а затем, с утратой звука «д» (явление, типичное для живой речи), превращалось в Боханко. Менее вероятная, но возможная версия — от имени Борис (через форму Бориско или Борханко).

Однако есть и другая, более прозаичная версия происхождения — от прозвища. Слово «бохан» в юго-западных говорах (украинских и белорусских) означало «коврига хлеба», «буханка». Человек с таким прозвищем мог быть хлебопёком, торговцем хлебом, либо просто плотным, коренастым человеком, которого в шутку сравнивали с буханкой. Суффикс -ко в этом случае придавал прозвищу оттенок: «сын того, кого прозвали Бохан» или «маленький Бохан». Обе версии — и от имени, и от прозвища — имеют право на существование, и без записи в метрической книге XVII–XVIII века определить точную невозможно. Но в любом случае, носитель фамилии Боханко — потомок человека, которого либо назвали уменьшительной формой имени Богдан, либо прозвали за связь с хлебом.

Географически фамилия чаще всего встречается на западе Украины и в южных областях Беларуси, что косвенно подтверждает её западнорусское происхождение. В России она редка и, скорее всего, принесена мигрантами. В сословном отношении предки Боханко, вероятнее всего, были крестьянами или казаками — в этих средах фамилии на -ко были особенно распространены в XVI–XVIII веках. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано, что тоже характерно для данного типа фамилий.