Фамилия Боханова — женская форма фамилии Боханов. Её основа — прозвище или нецерковное имя Бохан, которое могло закрепиться за человеком по двум разным причинам. Самая вероятная версия связывает прозвище с названием посёлка Бохан — административного центра Боханского района в Усть-Ордынском Бурятском округе (посёлок стоит на реке Иде, правом притоке Ангары). Если предок получил прозвище по месту прежнего жительства, то основатель рода был выходцем из этих мест.

Сам топоним Бохан переводят с бурятского как «шаманка». Отсюда вторая версия: прозвище Бохан могли дать человеку, имевшему отношение к шаманским практикам, — жрецу, знахарю или просто тому, кого считали связанным с духами. В сибирском контексте такое прозвище не было редкостью, особенно в среде коренного населения или среди старожилов, перенявших местные обычаи.

Морфология фамилии проста: к основе Бохан добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Боханов). Суффикс -а в женском варианте — стандартное окончание. Фамилия могла сложиться и в русской, и в бурятской среде, где фамилии нередко образовывались по той же модели.

Другие версии — например, от диалектного глагола «бохать» (громко бить, стучать) или от имени Богдан — менее убедительны, так как не объясняют конкретной географической привязки. Связь с бурятским топонимом выглядит надёжнее и конкретнее.