Фамилия Боханцева — женская форма фамилии Боханцев. Разберёмся с мужским вариантом, который куда чаще фигурирует в справочниках и документах прошлого.

В основе фамилии лежит прозвище Боханец. В русских говорах «бохан», «боханец» — это каравай хлеба, коврига, а иногда и большая лепёшка. Человек мог получить такое прозвище за любовь к хлебу, за круглую дородную фигуру или, напротив, за профессию пекаря. Версия с ремеслом выглядит правдоподобнее: на Руси часто называли человека по товару, который он производил или продавал — отсюда же фамилии Калашников, Пирогов, Блинников. Боханец — это, скорее всего, хлебопёк или торговец хлебом.

Суффикс -ев в фамилии Боханцев указывает на принадлежность: «чей?» — Боханцев, то есть сын Боханца. Такая модель — самая распространённая в русской ономастике, она типична для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на мягкий согласный или -ец. В данном случае основа «Боханец» даёт именно -ев, а не -ов.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где слово «бохан» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении. В дореволюционных переписях Боханцевы фиксировались в основном среди крестьян и мещан — то есть сословий, где прозвища, данные по ремеслу или внешности, закреплялись в качестве фамилий в XIX веке.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Боханцев стоит в одном ряду с Бохановым и Бохановичем. Боханов — от той же основы, но с другим суффиксом, а Боханович — белорусская или польская форма, указывающая на сына Бохана. Боханцев же — чисто русский вариант, где «Боханец» — это не просто «сын», а человек, которого так прозвали лично.