Фамилия Болбатунова — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: искать ли корень в славянском прозвище или в тюркском заимствовании. И здесь первая версия выглядит убедительнее.

Основа фамилии — слово «болбат» или «болботать». В русских говорах «болботать» означало говорить невнятно, бормотать, а «болбат» — тот, кто говорит быстро и неразборчиво, тараторка. Фамилия образована по стандартной модели того же ряда, что и Болтунов, Болтушин, Болбатов: к прозвищу Болбат прибавили суффикс принадлежности -ун-, который указывал на деятеля (как в фамилиях Говорун, Крикун, Молчун). Затем пошёл патронимический суффикс -ов, и окончание -а — женская форма. То есть Болбатунова — буквально «дочь (или жена) Болбатуна», а Болбатун — «тот, кто болбачет».

Вторая, менее вероятная версия выводит фамилию из тюркского «болбат» — так в некоторых тюркских языках называли крупную рыбу, например, сома или осетра. Тогда прозвище Болбат мог получить рыбак или торговец рыбой. Но против этой гипотезы говорит то, что фамилия почти не встречается в регионах с сильным тюркским влиянием, зато фиксируется в северных и центральных областях России — там, где «болботать» было обычным диалектным словом.

Фамилия редкая. В открытых источниках её носители встречаются в основном в Вологодской и Архангельской областях, а также на Урале — в зоне переселения северных крестьян. Это косвенно подтверждает диалектную, а не тюркскую природу. Сословно, скорее всего, это была крестьянская или посадская фамилия: прозвища по речевой манере давали в среде, где человека знали в лицо, а не по документам.

Женская форма Болбатунова — не пережиток, а живое употребление: в русской традиции фамилии на -ов/-ев свободно склоняются по родам, и в быту, и в официальных записях часто фигурирует именно женский вариант, если речь о женщине. Так что перед нами не изменённая мужская фамилия, а её естественная грамматическая форма.