Фамилия Болдунова — женская форма от Болдунов, и её происхождение стоит разбирать именно через мужской вариант. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Болдун. В русских говорах слово «болда» или «болдун» имело несколько значений, и ключевое из них — «шишка», «нарост», «выпуклость» (например, болда на дереве или на теле). Отсюда прямая линия к прозвищу коренастого, плотного или неловкого человека. В словаре Владимира Даля «болда» — это ещё и «булава», а «болдун» — «кто ходит, переваливаясь, как утка». Таким образом, прозвище легко могло закрепиться за человеком из-за внешности или походки.

Суффикс -ов- в фамилии Болдунов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Болдунов», то есть сын Болдуна. Фамилия образована по самой распространённой в России схеме, без редких формантов, что говорит о её принадлежности к крестьянской или мещанской среде — именно в этих сословиях чаще всего фиксировали прозвища в качестве родовых имён. Географически фамилия Болдунов встречается в центральных и северных областях России, в частности, в Вологодской и Архангельской губерниях, где слово «болда» было в активном употреблении.

Стоит упомянуть и менее вероятную, но возможную версию. В некоторых тюркских языках «болдун» означает «стал», «сделался», но для фамилии с русским суффиксом -ов это объяснение натянуто. Скорее всего, корень чисто славянский, и фамилия Болдунова — это память о предке, которого в деревне прозвали за его стать или манеру ходить, а сыновья и внуки уже носили это прозвище как фамилию. Дополнительных сведений о дворянских корнях или титулованных носителях нет — это обычная русская фамилия, вышедшая из народной среды.