Фамилия Болганов — один из тех случаев, где географическое название легло в основу прозвища, а затем и родового имени. Вопреки возможному предположению, корень здесь не связан напрямую с Болгарией как государством, хотя и восходит к тому же этнониму. В русской среде «болгарином» или «болганом» могли называть выходца с Волги — волжских болгар, предков современных татар и чувашей. В XVI–XVII веках, после завоевания Казанского ханства, переселенцы из этих земель нередко получали такое прозвище в русских деревнях, и оно закреплялось за ними и их потомками.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Болгана»). Основа «Болган» — это усечённая или народная форма от «болгарин». В говорах встречалось и прямое прозвище Болган, которое могли дать человеку за смуглую кожу, чёрные волосы или просто за связь с восточными землями. Встречается и версия, что «болган» — искажённое «булгарин» (от этнонима «булгары»), что ещё раз подчёркивает связь не с балканскими славянами, а с волжскими народами.

Фамилия распространена в основном в Поволжье и на Урале, а также в Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XIX веках. Встречаются варианты написания «Болганов» и «Балганов» — последний может указывать на диалектное «аканье» или на тюркское происхождение основы (например, от имени Балган). Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — носители, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию.

В ономастических справочниках фамилия упоминается редко, но её разбор даёт ясную картину: перед нами типичная «географическая» фамилия, которая могла возникнуть как в среде русских, соседствовавших с татарами и чувашами, так и у самих крещёных народов Поволжья, принимавших русскую модель фамилии.