Фамилия Боллоев — одна из тех, где за привычным русским окончанием скрывается нерусская основа. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение («чей?» — Боллоев), а корень Болл- почти наверняка восходит к тюркским или монгольским языкам. Самая очевидная версия: основа «бол» (или «болл») в тюркских наречиях означает «мёд» или «сладкий». Соответственно, Боллоев — потомок человека по прозвищу Боллой, то есть «сладкий», «медовый». Прозвище могли дать либо кондитеру, торговавшему сладостями, либо человеку с мягким, приятным характером — в переносном смысле.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с бурятским или калмыцким именем Болло, которое в свою очередь восходит к тибетскому «бол» — «сила», «могущество». В таком случае Боллоев — это «сын сильного» или «потомок могучего». Однако эта версия упирается в то, что тибетские имена в бурятской среде обычно оформляются суффиксом -ин или -ов без удвоения «л», а здесь мы видим именно «болл», что ближе к тюркскому произношению.

Географически фамилия редкая, её очаги — Северный Кавказ (особенно Осетия) и регионы с тюркским населением (Татарстан, Башкортостан). В осетинском языке есть слово «бол» — «мёд», и осетинская версия происхождения выглядит даже убедительнее тюркской, так как осетины — ираноязычный народ, но их фамилии нередко вбирали в себя кавказские и тюркские элементы. В любом случае, Боллоев — патронимическая фамилия, образованная от личного имени или прозвища, и её носители — потомки человека, которого в его окружении знали как Боллоя.

Что касается сословной принадлежности: фамилия не несёт следов дворянского или купеческого происхождения. Скорее всего, предки Боллоевых были крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами. В дореволюционных записях эта фамилия встречается эпизодически, и массового распространения не получила. Сейчас она остаётся достаточно редкой, что делает её носителей — хранителями довольно узкой семейной истории с явным восточным следом.