Фамилия Болонишникова — женская форма, мужская — Болонишников. В её основе лежит прозвище или профессиональное имя Болонишник. Разбирать фамилию стоит не с корня, а с суффикса, потому что именно он указывает на род занятий предка. Суффикс -ник в русских фамилиях почти всегда обозначает человека по его делу, ремеслу или характерному признаку: охотник, мельник, плотник. Соответственно, Болонишник — это тот, кто связан с «болонью».

Слово «болонь» (или «болонка») в старину имело несколько значений, и здесь важно не спутать их с современным названием породы собак. В северных и центральных говорах России «болонью» называли низкое, заливное место, пойму реки, иногда — сырой луг или лес на влажной почве. Болонишником могли прозвать человека, который жил у такой болони, пас там скот или косил сено. Вторая версия, менее распространённая, связывает слово «болонь» с «болонкой» — верхней одеждой, плащом или накидкой. Тогда Болонишник — портной, шивший такую одежду, либо же тот, кто её носил и получил прозвище по характерной детали гардероба.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -ник → фамилия на -ов (Болонишников). Это указывает на то, что родоначальник, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, а не дворянином: фамилии на -ов/-ев массово закреплялись за непривилегированными сословиями в XVIII–XIX веках. Географически фамилия редкая, её очаги стоит искать на Русском Севере или в Верхнем Поволжье — там, где слово «болонь» в значении «пойма» сохранилось в местных говорах и топонимах (например, деревни Болонь в Тверской и Новгородской областях).

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Болонишников стоит в одном ряду с Болонниковым и Болониным, но отличается именно суффиксом -шник, который встречается реже и может указывать на вариант произношения или местный диалектный оттенок. В письменных источниках фамилия не зафиксирована среди известных исторических родов, поэтому её носителям стоит обратить внимание на местные архивы тех регионов, где распространено слово «болонь» — именно там, вероятно, и жили первые Болонишниковы.