Фамилия Болоночкин — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось за века, но его значение успело устареть. Основа здесь — «болонка», только не в современном смысле маленькой декоративной собачки, а в старом, диалектном. В русских говорах (особенно южных и западных) «болонкой» называли болтушку, пустослова, человека, который говорит много и без толку. От этого прозвища и пошла фамилия: сначала Болонка, затем, с уменьшительным суффиксом, Болонок, а потом уже Болоночкин — то есть «сын Болонка».

Модель образования стандартная: суффикс -ин указывает на принадлежность (чей? — Болоночкин), а основа «Болоночк-» — это форма имени или прозвища Болонок, где -ок- уменьшительное. Менее вероятна, но возможна связь с «болоночкой» в значении «оконное стекло» (от диалектного «болонь» — стекло), но тогда прозвище мог получить стекольщик или мастер, вставляющий оконницы. Однако в ономастике чаще встречается именно прозвищная модель, связанная с характером человека, а не с ремеслом.

Суффикс -очк- в фамилиях встречается нечасто. Обычно он даёт ласкательный оттенок, но в фамилиях он застывает и теряет эмоциональную окраску. Сравните с фамилиями Сысоечкин, Топоричкин — все они образованы от уменьшительных форм имён или прозвищ.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где бытовало слово «болонка» в значении «болтун» — это в основном южнорусские области и отчасти Украина. В дореволюционных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании. Крестьянское или мещанское происхождение здесь наиболее вероятно: прозвища по чертам характера в этих сословиях давали часто и охотно.

Известных носителей с этой фамилией в истории нет — она осталась в тени, но именно это и делает её ценной для изучения: она сохранила живое, бытовое слово, которое почти исчезло из речи. Носитель фамилии Болоночкин может с уверенностью сказать, что его предок был человеком словоохотливым, возможно, балагуром, и прозвище закрепилось за ним настолько прочно, что перешло в фамилию.