Фамилия Болонтаева звучит непривычно для русского уха, и это не случайно. Её основа — тюркское прозвище или имя, скорее всего, восходящее к слову «болон» или «булан». В тюркских языках «булан» означает «лось», а в некоторых диалектах — «олень». Человек мог получить прозвище Болон(т) за быстроту, силу или внешнее сходство с этим животным. Встречается и другая версия: от тюркского «болан» — «бурный, стремительный», что тоже могло стать характеристикой характера.

Суффикс -таев/-таева указывает на модель образования от тюркских имен с компонентом -тай. В казахском, башкирском, татарском языках -тай — уменьшительно-ласкательный суффикс, часто встречающийся в именах (например, Каратай, Буранбай). Таким образом, Болонтай — это уменьшительная форма от Болон, а Болонтаева — дочь или жена Болонтая. Фамилия женского рода, мужской вариант — Болонтаев.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала, особенно к Татарстану, Башкортостану, а также к Оренбургской области. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении. В дореволюционных записях такая фамилия могла принадлежать крестьянам или казакам, но точных сословных данных по ней нет.

Ударение, скорее всего, ставится на второй слог: Болонта́ева, хотя в разных регионах возможны варианты. Фамилия не имеет отношения к русским корням «болото» или «болонь» — это чистый тюркизм, прошедший через русскую фамильную форму на -ев.