Фамилия Бондареев — один из тех случаев, когда кажущаяся простота скрывает неочевидный нюанс. На слух она почти неотличима от массовой фамилии Бондарев, но разница в суффиксе меняет историю. Если Бондарев — это стандартное притяжательное прилагательное («чей? — бондарев», то есть сын бондаря), то Бондареев образован по другой, более редкой модели. Двойное «е» в суффиксе (-еев) указывает на то, что в основе лежало не прозвище Бондарь, а имя или прозвище Бондарей.

Вероятнее всего, фамилия Бондареев восходит к прозвищу Бондарей. В русском языке суффикс -ей часто образовывал имена по характерному признаку или роду занятий: глухарь — Глухарей, кузнец — Кузнецей (редкая форма). Соответственно, Бондарей — это человек, имеющий отношение к бондарному делу, но не обязательно сам мастер. Это мог быть подмастерье, ученик, а то и владелец бондарной мастерской, которого называли по ремеслу в более широком смысле. Фамилия на -еев — это ответ на вопрос «чей сын?»: сын Бондарея.

Слово «бондарь» — общеславянское, обозначающее мастера по изготовлению бочек, кадок, ушатов. В старину это было одно из самых востребованных ремесел: деревянная тара использовалась повсеместно — от солений и меда до пороха и смолы. Поэтому фамилии от этого корня встречаются повсеместно, но именно форма Бондареев встречается заметно реже, чем Бондарев или Бондаренко. Географически она может быть привязана к регионам, где в местных говорах или при переписях закрепилась именно форма прозвища с суффиксом -ей, а не более привычное -арь.

По сословной принадлежности носители фамилии Бондареев относились к крестьянам или мещанам. В дворянские роды эта фамилия не попала, что логично: бондарство было сугубо ремесленным, податным занятием. Встречаются варианты написания с одной «е» (Бондарев) по ошибке писаря или из-за упрощения, но исторически двойной суффикс — главный отличительный признак, который и делает эту фамилию отдельным ономастическим случаем, а не просто орфографической вариацией.