Фамилия Бондарерко — один из тех случаев, когда запись в документе отошла от привычного звучания. Скорее всего, перед нами не самостоятельная редкая фамилия, а искажённый или диалектный вариант распространённой фамилии Бондаренко. Ошибка могла возникнуть при записи в церковной книге или паспортном столе: писарь на слух зафиксировал «р» там, где в оригинале было «н». Впрочем, не исключено, что это сознательная местная особенность произношения, закрепившаяся в фамилии.

Если отбросить сомнительное «р», основа фамилии прозрачна. Она восходит к ремеслу: бондарь — мастер, изготавливающий бочки, кадки, ушаты и другую деревянную посуду из клёпки. Ремесло было востребованным повсеместно, поэтому фамилии Бондаренко, Бондарев, Бондарчук входят в сотню самых частых русских и украинских фамилий. Суффикс -енко (в украинской традиции) или -ерко (в нашем случае) указывает на происхождение: «сын бондаря» или «потомок бондаря».

Модель образования с суффиксом -енко характерна для Поднепровья, Левобережной Украины и южных областей России. Именно там в XVII–XVIII веках формировались фамилии казацкой старшины и крестьян по отцовскому ремеслу или имени. Вариант с «р» мог закрепиться в говорах, где смешивались или заменялись сонорные согласные «н» и «р». Встретить фамилию Бондарерко можно в единичных записях, но её носитель почти наверняка имеет корни в среде, где бондарство было семейным занятием.

Таким образом, этимологически фамилия Бондарерко — то же, что и Бондаренко: указание на профессию предка. Разница лишь в графическом оформлении, за которым стоит либо ошибка писца, либо особенность местного говора.